1863年1月31日清晨的黑暗中发生了一些不寻常的事情，当时南方联盟的铁甲公羊奇科拉和CSS棕榈树陈述，越过查尔斯顿酒吧，袭击了守卫着封锁者避风港的联邦船只。这是南部邦联铁甲部队第一次进入公海，在南部邦联将军P.G.T.博雷德看来，他们打破了封锁。虽然联邦炮艇很快就回到了基地，但这对查尔斯顿的守军来说是一个巨大的鼓舞，他们期待着联邦炮艇对他们的港口发动铁腕攻击。
当P.G.T.包瑞德将军于1862年9月24日就任南卡罗来纳和佐治亚部的指挥官时，他立即意识到，为了保卫查尔斯顿和萨凡纳等港口，有必要积极支持南部邦联海军。博雷加德是萨姆特堡战役和马纳萨斯第一战役的英雄，他知道，装备有加农炮的铁甲公锤不仅是保护港口的最佳机会;也可能是为了打破联邦对南部邦联商业的束缚——棉花换大炮贸易对南部战争的努力非常重要。
内战的第二次主要两栖行动是1861年11月7日攻占罗亚尔港。军旗军官塞缪尔·弗朗西斯·杜邦（Samuel Francis Du Pont）是新成立的南大西洋封锁中队指挥官。他需要占领南卡罗来纳州的罗亚尔港，作为他的中队的基地。杜邦将他的战舰置于椭圆航线上，迫使沃克堡和博雷德堡投降。这声音使联邦政府得以维持对查尔斯顿和萨凡纳的封锁。联邦对南卡罗来纳州海岛的占领导致了皇家港试验。废奴主义者辛辛苦苦地帮助这些以前被奴役的人成为识字和自力更生的工薪阶层。一旦《解放宣言》成为法律，这个沿海地区就成了非裔美国士兵的招募中心。
1861年4月14日，当萨姆特堡被南部邦联攻陷时，亚伯拉罕·林肯总统宣布封锁从弗吉尼亚州到德克萨斯州的南部海岸线。时任美国陆军总司令的温菲尔德·斯科特（Winfield Scott）建议，联邦的主要战争目标是封锁南部港口，包括占领密西西比河。斯科特知道，关闭这些港口将结束棉花换大炮的贸易，这对南方的生存是如此必要。成立了一个委员会，称为封锁战略委员会，也称为杜邦委员会。
